БНХАУ-ын Цаг уурын газартай 1989 оноос эхлэн хамтын ажиллагааны гэрээтэй ажиллаж байгаа ба 2 жил тутамд гэрээний хэрэгжилтийг дүгнэж цаашдын хамтын ажиллагааны зорилтоо тодорхойлдог. БНХАУ-ын Цаг уурынгазартай шар шороон шуурганы судалгаа, мониторинг, цаг уурын харилцаа холбоо, хөдөө аж ахуйн цаг уур, уур амьсгалын өөрчлөлт, цаг агаарт зориудаар нөлөөлөх, цаг уурын хэмжил зүй зэрэг салбаруудад хамтран ажиллаж ирсэн бөгөөд уг уулзалтаар хамтын ажиллагаагаа өргөтгөн хиймэл дагуулын цаг уур, цаг агаарын тоон прогноз, уур амьсгалын өөрчлөлт, дээд давхаргын агаар мандлын ажиглалтын чиглэлээр мэргэжилтэн сургах, тоног төхөөрөмж нийлүүлэх, судалгааны чиглэлээр хамтран ажиллахаар тогтож, протоколд тусган хэрэгжүүлж байна.

Хамтын ажиллагааны 12 дугаар уулзалтын протоколд тусгасны дагуу БНХАУ-ын Цаг уурын газрын буцалтгүй тусламжаар 2011 оны 11 дүгээр сард БНХАУ-ын Цаг уурын газрын мэргэжилтнүүд хүрэлцэн ирж Өмнөговь аймагт дээд давхаргын агаар мандлын ажиглалтын станцыг суурилуулсан бөгөөд БНХАУ-ын Цаг уурын газраас жил бүр техник үйлчилгээг нь гүйцэтгэн, тухайн станцыг ажиллуулахад шаардлагатай бөмбөлөг болон бусад хэрэгслээр ханган өдөр тутмын үйл ажиллагааг явуулахад туслалцаа үзүүлж байна.

БНХАУ-ын мэргэжилтнүүд CMACast болон MICAPS системийг манйа улсад  суурилуулсан бөгөөд уг системүүдийн ажиллагааны талаар манай мэргэжилтнүүдэд сургалт зохион байгууллаа.

2015 оны 10 дугаар сарын 19-23-ны өдрүүдэд БНХАУ-ын Цаг уурын газартай цаг уурын шинжлэх ухаан, технологийн салбарт хамтран ажиллах хамтарсан ажлын хэсгийн 14 дүгээр уулзалт Улаанбаатар хотноо зохион байгуулагдсан бөгөөд уулзалтын үеэр өмнөх протоколд туссан ажлуудын хэрэгжилтээ дүгнэн хэлэлцэж ирэх 2 жилийн хугацаанд орчны хяналт шинжилгээ, цаг уурын харилцаа холбоо, уур амьсгал, уур амьсгалын өөрчлөлт, цаг агаарт зориудаар нөлөөлөх, цаг уурын тоног төхөөрөмж, мэдээний чанарын хяналт шинжилгээний чиглэлээр хамтран ажиллахаар тохиролцсон.